La historia se remonta a la época en que Vicente Rocafuerte llego a ser Presidente del Ecuador.

Se dice que después de haber hecho, un amplio recorrido por otros puertos del mundo, y movido por su espíritu progresista, se percató de la necesidad urgente de implementar un sistema para señalizar las costas ecuatorianas, de manera que los barcos importadores y exportadores pudieran navegar por nuestras aguas con buen rumbo.

Fue así que en 1841 se inauguró un faro en la isla en ese entonces llamada El Muerto, actualmente conocida como Santa Clara. Poco tiempo después, se decidió que el servicio ofrecido por dicho faro era escaso e irregular frente a las necesidades que debían cubrirse. Por ese motivo se importó de Francia otro faro, que la noche del 1° de agosto de 1872 ilumino por primera vez el Golfo y la entrada al puerto de Guayaquil.

Transcurrió el tiempo y la linterna del faro fue reemplazada y por muchos años embodegada, hasta que en 1955 fue adquirida por el Guayaquil Yacht Club mediante un pago simbólico de 5.000 sucres a la Armada Nacional.

En 1956, en la sede social de este club, frente al rio Guayas, se construyó una pequeña torre en la cual se ubicó el faro. Allí permaneció hasta que, en los años 70, se remodelaron sus edificaciones y el faro pasó a una bodega.

Fue en 1992 cuando el Comodoro del Salinas Yacht Club, Ab. Luis Eduardo Gómez Bejarano, le propuso al Comodoro del Guayaquil Yacht Club, Sr. Carlos Pino Plaza, que el faro les sea dado en comodato.

Se aprobó un convenio y el faro fue instalado en el espigón del Salinas Yacht Club. Su luz se encendió de nuevo en julio 3 de 1993 durante una ceremonia especial, y se le asignó al faro el nombre del Comodoro Juan Alfredo Wright Aguirre.